Starostlivosť o pacientov s nádorovými chorobami sa spája v Bratislave s Alžbetínskym kláštorom, kostolom a nemocnicou na Špitálskej ulici. Tento komplex postavili podľa projektov viedenského architekta F. A. Pilgrama. Do 20. storočia sem prijímali staršie ženy s chronickými chorobami, často nádorovými. Po prvej svetovej vojne tu už liečili aj mužov. Nemocnica pôsobila ako filiálka Štátnej nemocnice v Bratislave (terajšej Nemocnice Staré Mesto na Mickiewiczovej ulici).
V rokoch 1939 – 1942 tu prechodne umiestnili Rádiumterapeutický ústav, so štatútom kliniky, v ktorom až do svojej smrti pôsobil zakladateľ slovenskej rádiológie, prof. MUDr. Ľ. Valach. Ústav potom presťahovali do adaptovaných priestorov Štátnej nemocnice a nemocnica sv. Alžbety slúžila ako liečebné oddelenie pre chronických a onkologických pacientov.
Vo februári 1945 bola nemocnica sv. Alžbety i s kostolom poškodená pri leteckom nálete. Pri oprave sa potom vykonali stavebné úpravy potrebné pre nemocnicu. V tom istom roku bol povereníkom zdravotníctva MUDr. V. Thurzo, ktorý podporil zriadenie Ústavu pre výskum a liečbu nádorov v priestoroch tejto nemocnice.
Súčasne obsadil miesto prednostu Oddelenia laboratórneho vyšetrovania v Štátnej nemocnici a 21.11.1949 bol poverený vykonaním prác súvisiacich so zriadením Ústavu pre výskum a liečbu nádorov. Nemocnica mala v tom čase 90 lôžok a 3 oddelenia: rádiologické, gynekologické a chirurgické. Laboratórium pozostávalo z dvoch miestností a slúžilo tiež Spolku proti rakovine ako bioptická stanica. Spolok proti rakovine pomáhal pacientom napríklad financovaním cestovných výdavkov pri dochádzaní na vyšetrenia do ústavu a podporoval pacientov pri hradení nákladov spojených s liečbou. V roku 1950 po príchode prof. MUDr. F. Šveca a neskôr MUDr. A. Winklera, MUDr. Š. Hupku a MUDr. L. Bahnu sa začal v ústave rozvíjať laboratórny i klinický onkologický výskum.