Interný pavilón mal 250 postelí, v zadnom krídle tohoto pavilónu bol od 1. 6. 1936 zriadený detský primariát so 45 postelami. Roku 1936 mala nemocnica 580 postelí, ktoré však kapacitne nepostačovali. Nemocnica mala 6 primariátov. Pre choroby vnútorné, chirurgické a gynekologické, krčné, ušné, nosné, detské a kojenecké, kožné a pohlavné, infekčné. V nemocnici pracovalo 11 sekundárnych lekárov, ošetrovateľský personál tvorilo 63 sestier Sv. kríža. Liečených tu bolo 10 022 chorých a pre nedostatok miesta nemohlo byť prijatých 795 pacientov. Krajinská nemocnica sa stala roku 1938 štátnou. Tento stav sa prakticky udržal až do oslobodenia. Riaditeľom nemocnice bol MUDr. Mikuláš Nádaši primár chirurgického oddelenia.
Štátna oblastná nemocnica mala v roku 1948 10 oddelení so 610 postelami.
Interné oddelenie
125 postelí, z toho 42 postelí pre TBC
Detské a dojčenecké oddelenie
63 postelí
Chirurgické oddelenie
133 postelí
Ženské a pôrodnícke oddelenie
36, z toho 19 pôrodnícke
Oddelenie pre infekčné choroby
81 postelí
ORL oddelenie
32 postelí
Očné oddelenie
26 postelí
Kožno-pohlavné
98 postelí
Oddelenie pre liečbu žiarením 18 postelí
V nemocnici pracovalo 8 primárov,1 externý ordinár, 20 sekundárnych lekárov, 48 pracovníkov iných kategórií, 50 reholných sestier Sv. Kríža - ošetrovateliek.
Vydaním zákona č. 103/1951 Zb. došlo k zjednoteniu dovtedy roztrieštených zdravotníckych služieb poskytovaných viacerými subjektami. Vytvoril sa Okresný ústav národného zdravia v Trnave, ktorý poskytoval na svojom spádovom území jednotnú liečebno - preventívnu ambulantnú i lôžkovú starostlivosť. V 1962 roku bol postavený chirurgický pavilón so 135 postelami. V roku 1981 pribudol v nemocnici nový gynekologicko-pôrodnícky pavilón, anesteziologicko-resuscitačné oddelenie. Pre potreby hematológie a transfuziológie i klinickej biológie bol vybudovaný nový pavilón v roku 1987.
V roku 1998 1. augusta získala nemocnica štatút Fakultnej nemocnice.
1.4.2003 MZ SR zmenilo zriaďovacou listinou názov Fakultná nemocnica s Poliklinikou Trnava na Fakultná nemocnica Trnava v dôsledku prevodu Polikliniky Družba na Mesto Trnava.
1.6.2007 bol slávnostne otvorený nový Pvilón chirurgických disciplín.
